La Comuna de Puerto Cabuyal está comprometida con la conservación de la naturaleza y uso sostenible de la biodiversidad de sus ecosistemas marinos y terrestres. Además, los proyectos que se implementen contribuirán a la construcción y sustentabilidad del Plan de Manejo de la Reserva Marina Puerto Cabuyal – Punta San Clemente (de 130.427,09 hectáreas, la segunda más grande del Ecuador después de Galápagos), así como también a la consolidación del área de conservación para garantizar la provisión de bienes y servicios ecosistémicos para sus habitantes y visitantes.